Во время обработки сообщений PopUp меню, вы должны назначить активное окно, а потом после всплывания меню послать сообщение WM_NULL.



procedure TForm1.WndProc(var Msg: TMessage);
var
p: TPoint;
begin
case Msg.Msg of
WM_USER + 1:
case Msg.lParam of
WM_RBUTTONDOWN:
begin
SetForegroundWindow(Handle);
GetCursorPos(p);
PopupMenu1.Popup(p.x, p.y);
PostMessage(Handle, WM_NULL, 0, 0);
end;
end;
end;
inherited;
end;